در پی موافقت وزیر ارجمند علوم، تحقیقات و فناوری، دکتر محمدعلی زلفی‌گل، مبنی بر استقلال هیأت امنا مورخ ۲۷ دی ۱۴۰۲، روند استقلال و جامعیت دانشگاه آیت الله العظمی بروجردی(ره) تکمیل شد.گفتنی است هیأت امنا، بالاترین رکن دانشگاه به شمار می‌آید و مرجع سیاست‌گذاری، تصمیم‌گیری و تصویب مقررات و ضوابط می‌باشد.

در سال ۱۳۳۹، هیأت امنا به عنوان رکن اساسی دانشگاه شهید بهشتی در اساسنامه آن معرفی شد. در سال ۱۳۵۰، قانون هیأت‌های امنای مؤسسات عالی علمی-دولتی به تصویب رسید که بر اساس آن، دانشگاه‌ها موظف به تشکیل هیئت امنای مستقل شدند. هدف از این قانون، ایجاد هماهنگی و یکپارچگی بیشتر بین دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی بود.

در سال ۱۳۵۳، قانون اصلاحی برای ‌هیأت‌های امنای مؤسسات عالی علمی-دولتی به تصویب رسید که بر اساس آن، وزارت علوم و آموزش عالی مکلف به تشکیل هیأت امنایی با ترکیب و وظایف یکسان برای هر یک از دانشگاه‌های دولتی و غیر دولتی و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی دولتی شد.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی، بر اساس لایحه قانونی مصوب ۱۳۵۷، هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی منحل شدند و وظایف و اختیارات آن‌ها به هیئت ۳ نفری جانشین واگذار گردید.

شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسات ۱۸۱ و ۱۸۳ مورخ ۶۷/۱۲/۹ و ۶۷/۱۲/۲۳ تصویب کرد که وزارتخانه‌های فرهنگ و آموزش عالی و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی می‌توانند برای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی وابسته به خود، هیئت امنایی با ترکیب زیر تشکیل دهند:

• وزیر مربوطه به عنوان رئیس هیئت
• رئیس مؤسسه آموزشی و پژوهشی
• ۴ تا ۶ تن از شخصیت‌های علمی، فرهنگی یا اجتماعی محلی و کشوری که نقش مؤثری در توسعه و پیشرفت مؤسسه داشته باشند
• نماینده وزیر برنامه و بودجه

این ترکیب جدید، با هدف افزایش مشارکت و بهره‌گیری از تجربیات و دانش افراد متخصص و متعهد در راستای پیشبرد اهداف آموزشی و پژوهشی دانشگاه‌ها و مؤسسات عالی، پیش‌بینی شده بود. هیئت امنا به عنوان یک نهاد تصمیم‌گیری و نظارتی، نقش کلیدی در تعیین خط‌مشی‌ها و سیاست‌های کلان دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی ایفا می‌کرد و در جهت ارتقای سطح کیفی و کمی فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی تلاش می‌نمود. همچنین، این هیئت‌ها مسئولیت اصلی در تأمین منابع مالی و اداری مؤسسات را بر عهده داشتند و در جهت تحقق استقلال عملیاتی و مالی دانشگاه‌ها گام برمی‌داشتند.